龐雜的基因測序工作如何能既快又準？這是這項先進技術廣泛應用于人類健康的關鍵。近日，大內存軟件公司MemVerge和國內單細胞基因研究生物技術企業百奧智匯聯合宣布，雙方成功利用大內存技術加快了單細胞核糖核酸測序（scRNA-seq）分析的時間。
據介紹，與傳統的基于DRAM的解決方案相比，由英特爾? Optane?持久內存（PMEM）和來自MemVerge的Memory Machine軟件組成的尖端的解決方案讓單細胞核糖核酸測序的加載時間快了800倍，讓某些計算階段的執行速度提高了25倍。
單細胞核糖核酸測序分析是一個包含多個大規模數據處理步驟的過程。MemVerge方面介紹，長時間運行的過程屬于計算密集型，對內存資源具有很高的要求。計算時會使用非常大的矩陣，這需要適配內存的容量，同時中間階段的計算結果必須保存和重新加載到其他階段，這都造成了存儲和恢復的瓶頸。此外，該過程有許多階段還必須重復調整參數。
MemVerge稱，公司推出的Memory Machine軟件則解決了這些內存資源問題。其ZeroIO?內存快照功能消除了存儲IO瓶頸，可顯著縮短執行整個單細胞核糖核酸測序分析的總體時間。MemVerge方面認為，使用下一代測序技術衍生出的大型矩陣的其他生物信息學分析，也可以用大內存軟件來進行加速。
MemVerge首席執行官范承工博士表示，“到目前為止，內存基礎設施還沒有存儲方面可行的替代方案可供基因組測序使用。大內存以極低的成本提供與DRAM相同的高性能，并且具有復雜數據傳遞途徑所需的持久性和敏捷性。”
值得注意的是，在這場席卷全球的新冠疫情中，科學家們也在借助基因組測序來識別新的SARS-CoV-2變種，試圖了解對疫情發展的影響。此前的2月17日，鑒于新冠變異毒株傳播加劇，白宮宣布美國國家疾病控制和預防中心（CDC）將投資近2億美元，通過基因組測序來識別、跟蹤和緩解最新出現的SARS-COV-2病毒株。
“單細胞核糖核酸測序是推動癌癥和COVID-19研究進展的關鍵基礎研究方法之一。”百奧智匯生物信息業務主管Chris Kang表示，“MemVerge和英特爾開發的大內存平臺加快了我們的工作流程，幫助我們更快地生成結果，這將對未來更好地認知疾病，提高醫療水平帶來更多有效的方法。”
