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在戰亂的一段時間過后，宇智波一族生活在了木葉村。但由于他們的成員并不允許干涉國家大事，也很少與外界交流，就慢慢被人們所淡化和遺忘。但是有人想要恢復家族的名聲和地位，有了叛變的企圖。其中就以鼬的父母為首。但當時鼬已經成為木葉的暗部成員之一，同時也了解到了家族人計劃發動戰爭的事情，木葉高層要求他不惜一切代價去阻止這場叛亂。鼬無法拒絕這個要求，因為他不想讓更多人受到戰爭的傷害。因為他要執行的任務是殺掉和自己生活了十多年的同族人，還有自己深愛的親人，甚至有自己摯愛的弟弟佐助。
于是鼬伙同其他暗部，在一夜之間將全村人殺死，惟獨留下了他摯愛的弟弟，并故意讓弟弟看見族人和父母倒在血泊中，但又因無法向年幼的佐助說明實情，就故意騙他說是自己為了測量容器殺死族人，他想讓佐助仇恨自己，報著殺死自己的決心，在今后的殘酷的戰爭中生存下來，而鼬自己卻愿意背負一切惡名，成為木葉的叛逃忍者。
