“人造生命”,多數(shù)百科中的解釋是創(chuàng)造自然界沒(méi)有的生命。但是嚴(yán)格來(lái)講, 這個(gè)描述并沒(méi)有給其一個(gè)清晰定義。如果只要與自然界存在的生命有一點(diǎn)點(diǎn)不同就算是人造,那么生命科學(xué)進(jìn)展到現(xiàn)在,每一株基因重組菌、每一只轉(zhuǎn)基因動(dòng)物,都算得上是人造生命:因?yàn)樗鼈冋Q生于人類的實(shí)驗(yàn)室中,本來(lái)并不存在于自然界。
而最原始、最嚴(yán)格的人造生命的定義,大約應(yīng)該是“從零開(kāi)始”,從沒(méi)有生命的物質(zhì)合成出有生命的物質(zhì)來(lái)。而現(xiàn)存的這些所謂人造生命,沒(méi)有一個(gè)算得上真正的從零開(kāi)始——它們大多數(shù)是將現(xiàn)有生物進(jìn)行改造得來(lái)的。
包括此次的單染色體酵母也是如此,作者們利用自然界的野生酵母,將其多條染色體末端修剪之后首尾相連拼接成一條大型染色體。染色體數(shù)量確實(shí)從16減少到了1,但是染色體中所包含的基因總量幾乎沒(méi)變,就好像把原來(lái)分裝在16個(gè)小文件夾中的文件歸整到一個(gè)大文件夾中——還是那些文件,只不過(guò)收納位置不一樣了。
由獅頭、鹿角、鷹爪、蛇身、魚尾拼接而成的中國(guó)龍,恐怕是最早的人類對(duì)于人造生物的幻想(來(lái)源:visualhunt.com)
當(dāng)然整理酵母基因組的工作實(shí)際操作起來(lái)遠(yuǎn)比整理文件要困難得多,因?yàn)樯绕涫钦婧松锸欠浅?fù)雜的系統(tǒng),有些基因僅僅是換個(gè)位置,或者拷貝數(shù)上的增減,都會(huì)影響到其功能。
與我國(guó)學(xué)者同時(shí)進(jìn)行研究的美國(guó)實(shí)驗(yàn)室即是被困在這樣的陷阱里:他們將16條染色體拼成了2條,卻無(wú)論如何不能完成最后的融合,也許就是因?yàn)樗麄儧](méi)有拼對(duì)這些染色體的排列順序,或者沒(méi)有刪除某些冗余基因片段。
正是由這樣的研究我們才得以知道,現(xiàn)階段人類雖然已經(jīng)可以讀取編碼生命的幾乎全部基因數(shù)據(jù),卻并不能透徹理解這些數(shù)據(jù)的含義——如果我們將基因數(shù)據(jù)一字不落地抄一遍,勉強(qiáng)可以讓生命從我們的手抄本中誕生;可是要我們選擇性地抄出生命存在不可缺少的那些部分,我們還是一臉茫然。連讀懂都做不到,更不要說(shuō)譜寫。從“謄寫員”到“作家”,人類還有非常漫長(zhǎng)的路要走。
真核生物達(dá)到最簡(jiǎn)模式了嗎?
在真核酵母之前,曾經(jīng)有過(guò)原核生物被成功改造的歷史 [5]。從十幾年前開(kāi)始,美國(guó)生物學(xué)家克雷格·文特爾(Craig Venter)就在實(shí)驗(yàn)室中合成出極為簡(jiǎn)單的原核生物,并不斷地嘗試刪除不必要的基因,一次次挑戰(zhàn)著“簡(jiǎn)單”的極限。
克雷格·文特爾與他創(chuàng)辦的克雷格·文特爾研究所。(來(lái)源:維基百科)
與此不同的是,這次對(duì)酵母的改造并沒(méi)有追求基因數(shù)量上的最小值——對(duì)于復(fù)雜的真核生物來(lái)說(shuō),只是把現(xiàn)有染色體拼接起來(lái)就已經(jīng)足夠費(fèi)力了。在真核生物的基因組中,大量充斥著之前被認(rèn)為是“垃圾DNA”的片段, 而近來(lái)的一些研究卻又逐漸揭示了其中一些片段的作用。至于剩下的冗余片段是否真的是垃圾?如果不是的話又有什么作用?也正是這項(xiàng)酵母改造研究的后續(xù)令人期待之處。
染色體,“一條”就夠了?
在朋友圈刷屏的文章標(biāo)題中,有這么一個(gè)詞特別刺眼:“只剩一條”。用了這樣極端的限定詞,總會(huì)讓人誤以為是很多其他不必要的東西都被刪除掉了,而事實(shí)卻并非如此。上面也提到,單染色體酵母最終的一條幾乎是之前全部染色體的總和,從基因的數(shù)量來(lái)說(shuō)編輯后的基因組并沒(méi)有太多的刪減,此一條非彼一條。
然而從染色體數(shù)量上來(lái)說(shuō),16到1確確實(shí)實(shí)是非常大的變化。不要覺(jué)得只要文件足夠,裝幾個(gè)文件夾都是一樣,自然界的現(xiàn)存真核生物會(huì)用事實(shí)進(jìn)行有力反駁——絕大多數(shù)真核生物都有多條染色體,并且基因在染色體上的位置和排列對(duì)于執(zhí)行其功能非常重要。
舉個(gè)最簡(jiǎn)單的例子,在人類的生殖細(xì)胞形成過(guò)程中,如果一條染色體的一小段掉下來(lái),在DNA修復(fù)時(shí)被連接到錯(cuò)誤染色體上面去,雖然基因的數(shù)量并無(wú)增減,但卻會(huì)給胚胎的形成和發(fā)育造成不同程度的障礙。
染色體的一段發(fā)生位置變化會(huì)影響基因的表達(dá)。(來(lái)源:wikipedia)
跟人類親緣關(guān)系最近的物種黑猩猩,其染色體組與人類非常類似,只是2號(hào)染色體分成a、b兩條。因此有科學(xué)家提出這樣的說(shuō)法:2號(hào)染色體的融合是人類進(jìn)化的開(kāi)端。雖然這種說(shuō)法有待考證,但是染色體結(jié)構(gòu)與功能的關(guān)系顯而易見(jiàn)。
人類與黑猩猩染色體組對(duì)比(來(lái)源:wikipedia)
經(jīng)由人工改造獲得的單染色酵母存在哪些生理缺陷?
在單染色體酵母中,染色體的合并也確實(shí)給酵母的繁殖造成了影響。在普通培養(yǎng)條件下,單染色體酵母比野生型單倍體酵母的繁殖速度稍微慢一點(diǎn),其通過(guò)有性生殖產(chǎn)生的二倍體(即單染色體加倍)酵母的繁殖速度也稍慢于野生型。
然而,單染色體酵母的二倍體中,有三分之一的菌落在有絲分裂時(shí)無(wú)法維持正常的染色體數(shù)目。在有性生殖時(shí),單染色體酵母的二倍體產(chǎn)生的孢子數(shù)量和活力上都要劣于野生型。
培養(yǎng)皿中的念珠菌菌落,隸屬于酵母屬(來(lái)源:Nathan Reading on VisualHunt.com)
如果把單染色體酵母和野生型酵母混合進(jìn)行競(jìng)爭(zhēng)性培養(yǎng),單染色體酵母生長(zhǎng)繁殖上的劣勢(shì)就更加明顯。這樣的結(jié)果就說(shuō)明,擁有多條染色體的物種無(wú)疑有更強(qiáng)的生存競(jìng)爭(zhēng)能力,可以在自然惡劣的條件下存活繁衍。
也許在酵母的自然進(jìn)化中也曾經(jīng)出現(xiàn)過(guò)只擁有一條染色體的菌株,只不過(guò)因?yàn)闆](méi)能抵御環(huán)境和同類的挑戰(zhàn)而消失在漫長(zhǎng)的歷史當(dāng)中了。